基於勞動部針對勞基法釋疑說明，「勞工如果未能補休完畢，雇主仍然應依延長工作時間或休息日工作當日之工資計算標準發給工資」。但實務上，因為補休換算加班費無法當下計算，會隨時間累積，受到調薪及員工陸續用掉補休等影響，讓判斷補休時數對應的加班費倍率變得複雜，進而讓實際計算出來的加班費結果有差異。讓我們藉由以下範例觀察其中差異：

「甲員工有3筆平日4小時的加班補休，年底補休到期時，只使用7小時。而薪資已從加班當時的月薪31200元調高至36000元，未休完的補休時數換算為加班費會是多少?」 (A) 1104元 (B) 650元 (C) 957元

金額會有差異主要因薪資已經隨著時間變化，若依法以「工作當日之工資」為基準，則必須要每筆加班單逐一審視。另一個原因則是加班時數的換算，實際對應倍率區間會受到已休畢的時數影響而改變，提高了費用計算的複雜度。因此，案例情境中(A)的金額較高，主要使用年底補休結算時已調整的薪資為基礎；而(B)的金額較少，則是直接以員工實際加班時數計算，忽略了倍率轉換；至於(C)的結果，是依據加班當下薪資及勞基法加班倍率調整後的加班時數，會是比較合理的做法。

然而，人工計算無法逐筆去調閱對應每位員工加班當時薪資，只能依照員工現在薪資作為換算基礎，若是逐年調高薪資的情況，則容易造成溢發，無形之中增加企業成本。而補休剩餘時數，人工核對去換算對應倍率區間也難以完全正確，可能會金額短少，而有違法或產生勞資糾紛的疑慮。

當公司規模擴大，每位員工加班單逐漸累積的情況下，上述差異會因為加乘效應而更明顯。若是一個員工人數100人的企業，每人平均每月有3筆4小時的平日加班未用完，若以人工計算可能會達到每年將近50萬元的加班費溢發，而這些差距還尚未考慮本薪之外的其他薪資變動、企業優於勞基法給予補休、或是假日加班等狀況。對於員工經常性加班的產業，差距也將更明顯。

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